سیستم جدید آنالیز کمی جوامع میکروبی

1394/03/11

سیستم جدید آنالیز کمی جوامع میکروبی

انالیز جوامع میکروبی

 

 

دکتر سید ابوالحسن شاهزاده فاضلی رییس مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی در خصوص راه اندازی این تکنیک گفت: به منظور شناسایی ترکیب جامعه میکربی تعداد زیادی از روشهای بیوشیمیایی و مولکولی به کار برده می شود.

روشهای بررسی اکولوژی میکربی به دو دسته روشهای وابسته به کشت و روشهای مستقل از کشت تقسیم می شوند. محدودیت عمده تکنیک های وابسته به کشت این است که بیش از 99 درصد میکروارگانیسم های موجود در هر محیط و قابل مشاهده توسط میکروسکوپ توسط تکنیکهای استاندارد کشت، قابل کشت نیست.

بخش عظیمی از اجتماع میکربی موجود در طبیعت قابل کشت در آزمایشگاه نیست و در نتیجه منبع اولیه اطلاعات برای این میکروارگانیسم های غیر قابل کشت اما زنده، بیومولکولهای آنها مانند اسیدهای نوکلئیک، لیپید و پروتئین های آنها است .

تکنیکهای بررسی مولکولی به منظور بررسی فیلوژنتیکی و تنوع متابولیکی میکروارگانیسمها متاژنومیکس (Metagenomics) است . مفهوم متاژنومیکس که بر پایه استفاده از تکنولوژی و تکنیکهای نسل جدید توالی یابی استوار است یکی از روشهای بررسی کل اجتماع میکربی است.

به گفته وی متاژنومیکس به توالی یابی و آنالیز DNA استخراج شده به طور مستقیم از نمونه های محیطی بدون نیاز به کشت ارگانیسم های موجود در نمونه گفته می شود.

تحقیقات متاژنومیک را می توان در مورد محیط های مختلفی مانند خاک، فیلوسفر، بستر اقیانوس، آبهای دریاها و چشمه ها، معادن اسیدی، نواحی بسیار شور، نواحی بسیار داغ، بدن موجودات زنده و انواع محیطهای حاوی جوامع میکربی کاربرد و از نتایج آن در تهیه تنوع فیلوژنتیکی و تنوع متابولیکی و برای فهم نقش بیوشیمیایی میکروارگانیسم های غیر قابل کشت و برهمکنش آنها با دیگر فاکتورهای زیستی و غیر زیستی حیات استفاده کرد.

تحقیقات متاژنومیکس علاوه بر استفاده از جدیدترین تکنولوژی های توالی یابی برای حصول اطلاعات ژنتیکی خام نیازمند دقیق ترین و جدیدترین روشهای آنالیز بیوانفورماتیکی برای فراوری و پالایش اطلاعات بسیار انبوه جوامع میکربی است .

مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران که رسالت خود را جمع آوری ، شناسایی، حفظ و ذخیره و ارائه ذخایر ژنتیکی و زیستی می داند پس از انجام موفقیت آمیز اولین پروژه توالی یابی کامل ژنوم های میکروارگانیسمهای بومی ایران با در اولویت قرار دادن تحقیقات مبتنی بر متاژنومیکس و آنالیز متاژنومی محیط های مختلف میکربی گام بلند دیگری را در جهت نیل به شناسایی و حفظ و بهره برداری از ذخایر ژنتیکی میکربی ارزشمند این مرز و بوم برداشته است.

در این راستا مرکز ذخایر ژنتیکی و زیستی ایران موفق به استقرار و راه اندازی سیستم آنالیز کمی و فیلوژنتیکی داده های متاژنوم (QIIME) در کشورشده است.

سیستم آنالیز QIIME که در سال 2010 و با چاپ در نشریه معتبر Nature methods به محققان و دانشمندان عرصه متاژنومیکس و ژنومیکس میکربی معرفی شد با داشتن تعداد ارجاعات (Citation) فراوان از مقالات و تحقیقات معتبر و گوناگون به عنوان جدید ترین و معتبر ترین روش آنالیز کمی جوامع میکربی شناخته شده است.

با استفاده از این روش می توان به درستی به تنوع میکربی موجود در هر محیط دست یافت و به سطوح مختلف تنوع ژنتیکی آلفا و بتا را در چندین جامعه میکربی به طور همزمان و مقایسه ای مورد مطالعه قرار داد. راه اندازی این روش علاوه بر این که راهگشای بررسی های متاژنومی مناطق مختلف در مرکز است به عنوان یک خدمت بسیار تخصصی قابل ارائه به متقاضیان و محققان داخلی و خارجی است.



منبع:طبنا به نقل از مرکز ملی ذخایر ژنتیکی و میکروبی

مجله اینترنتی آزمایشگاه آمثبت

   منبع خبر: گردآوری آمثبت

ارسال نظر

نام (اختیاری) :
*
ایمیل(اجباری):
نظر شما:
کد بالا :

نظرات کاربران