تکنیک های شناسایی DNA و RNA

1395/04/10

تکنیک های شناسایی DNA و RNA:

 

 

شناسایی dnaوrna

 

 



انگشت نگاری DNA (DNA fingerprinting):

بروز جهش در ژنوم افراد مختلف منجر به ایجاد اختلافات تک نوکلئوتیدی در توالی های ژن های مختلف در یک جمعیت می شود. زمانی که توالی های مذکور تحت تاثیر یک اندونوکلئاز محدود کننده قرار می گیرد، قطعاتی با طول های مختلف تولید می شود؛ به این قطعاتRFLP گفته شده و به این تکنیک انگشت نگاری DNA اطلاق می شود

تعیین اثر پا (Footprinting):

این تکنیک برای تعیین توالی هایی از DNA است که یک پروتئین خاص به آن متصل می شوند. پروتئین متصل شده به DNA از بریده شدن DNA توسط DNase جلوگیری به عمل می آورد.

پلی مورفیسم کنفورماسیون تک رشته (SSCP):

جایگزینی، حذف یا ورود یک باز در مکان شناسایی یک آنزیم اندونوکلئاز را می توان توسط این تکنیک شناسایی کرد، به طوری که با تغییر باز در کنفورماسیون DNA تک رشته ای موجب تغییر حرکت آن در طی الکتروفورز بر روی ژل پلی اکریلامید می شود

هیبریدیزاسیون درجا فلورسنت (FISH):

از این تکنیک برای جستجوی مستقیم قطعات DNA یا RNA اختصاصی موجود در نمونه، برای تعیین موقعیت سلولی یا بافتی اسیدهای نوکلئیک استفاده می شود. ابتدا از نمونه های بافتی تثبیت شده با فرمالین، برش های نازکی تهیه شده و بر روی اسلایدهای میکروسکوپی قرار داده می شوند. سپس برای شناسایی قطعات DNA یا RNA از پروب های نشاندار شده با مواد فلورسنت استفاده می شود.

سنجش تغییر حرکت الکتروفورزی (EMAS) یا روش تاخیر در ژل (gel retardation):

این تکنیک برای بررسی پروتئین های متصل شونده به توالی خاصDNA به کار گرفته می شود.

ریزآرایه هایDNA (DNA microarrays) یا تراشه های DNA (DNA chips):


از این تکنیک جهت بررسی تنوع DNA و همچنین بیان متمایز ژن ها در سطح mRNA استفاده می شود. در این تکنیک DNAیا RNA مورد بررسی، با ایزوتوپ یا فلورسنت نشاندار شده و سپس با پروب های تثبیت شده بر روی یک اسلاید شیشه ای هیبرید می شود.

لکه گذاری نقطه ای معکوس (reverse dot blot):

در این روش پروب های نشاندار بر روی اسلاید شیشه ای تثبیت شده و DNAیا RNA غیر نشاندار مورد بررسی با آن هیبرید می شود

واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR):

نوع Real-Time PCR کمی (qRT-PCR):

در Real Time PCR از یک نشانگر فلورسنت در طی واکنش، جهت ردیابی محصول واکنش استفاده می شود. در طی واکنش PCR که DNA دو رشته ای تولید می­شود، ماده فلورسنت به آن متصل می شود، و بنابراین افزایش شدت فلورسانس با غلظت DNA دو رشته ای متناسب می باشد. با استفاده از این روش می توان میزان نسبی بیان یک ژن را در سلول تخمین زد. برای تعیین غلظت DNA از رنگ های فلورسانس نظیر SYBER Green یا شاخص های الیگونوکلئوتیدی فلورسانس (نظیرTaq Man) استفاده می شود. در این روش، منحنی شدت فلورسانس در مقابل تعداد سیکل ها، یک ارتباط خطی را در فاز لگاریتمی PCR نشان می دهد که با استفاده از آن می توان مقدار محصول DNA/cDNA را با استاندارد داخلی مقایسه نمود.

نوع Nested PCR:

در این تکنیک به منظور افزایش ویژگی تکثیر، از دو جفت پرایمر استفاده می شود که جفت دوم (جفت درونی) آن داخل محدوده مربوط به جفت اول (جفت بیرونی) قرار می گیرد. ابتدا PCR با جفت اول انجام می شود. سپس محصول اول با جفت دوم تکثیر داده می شود.

نوع Touchdown PCR:

در این روش به منظور کاهش تکثیر غیر اختصاصی و اتصال پرایمرها به یکدیگر، در سیکل های متوالی به تدریج دمای مرحله اتصال (Annealing step) کاهش می یابد؛ بدین صورت که در سیکل های ابتدایی، دما در حدود 3 تا 5 درجه سانتی گراد بالاتر از دمای Tm پرایمر و در سیکل های انتهایی حدود 3 تا 5 درجه سانتی گراد پایین تر از دمای Tm پرایمر تنظیم می شود.

نوع Multiplex PCR:

در این روش از چندین جفت پرایمر برای تکثیر هدف های مختلف استفاده می شود.

نوع Assembly PCR:

از این تکنیک جهت سنتز مولکول های بزرگ DNA با استفاده از قطعات الیگونوکلئوتیدی که همپوشانی دارند استفاده می شود

نوع Allele specific PCR:

از این تکنیک به منظور بررسی تغییرات تک نوکلئوتیدی جهت تشخیص بیماری ها و کلون کردن DNAاستفاده می شود.

نوع Asymmetric PCR:

در این روش فقط یکی از دو رشته DNA تکثیر می یابد. پلی نوکلئوتیدهای حاصل به منظور تعیین توالی یا تولید شاخص های هیبریدی مورد استفاده قرار می گیرند.

نوع Inverse PCR:

از این روش به منظور شناسایی نواحی ناشناخته DNA که در مجاورت نواحی با توالی مشخص قرار دارند استفاده می کنند.

فلوسیتومتری:

این تکنیک بر اساس اندازه گیری طول موج تابش شده از ذرات حاوی ماده فلورسنت می باشد. در این روش ابتدا ذرات فلورسنت در یک مایع جریان پیدا می کنند، سپس یک طول موج از نور (معمولا نور لیزر) به این ذرات تابیده شده و آن ها را تهییج می کند. ذرات تهییج شده در بازگشت به سطح اولیه خود، نور با طول موج بالاتر تابش می کنند که توسط آشکارساز قابل اندازه گیری می باشد. از این تکنیک می توان جهت بررسی کروموزوم ها و سلول استفاده کرد.

مجله اینترنتی آزمایشگاه آمثبت

منبع: سوپر گروه ژنتیک پزشکی، بیوشیمی بالینی و بیوتکنولوژی پزشکی کشور



   منبع خبر: گردآوری آمثبت

ارسال نظر

نام (اختیاری) :
*
ایمیل(اجباری):
نظر شما:
کد بالا :

نظرات کاربران